数字医学临床转化教育部工程研究中心于2006年经教育部批准, 依托于上海交通大学立项建设，并于2011年通过教育部验收，它是国内第一家聚焦于“数字医学”创新研究与临床转化的工程研究中心。

       工程研究中心面向临床需求，凝练数字医学内植物技术和数字化临床技术两大研究方向，开展数字医学临床转化型研究，已建立了医学内植物数字化技术、数字化外科手术和数字化物理治疗装备三大技术研发与服务平台，拥有占地约1500平方米的工程中心本部基地，它与上海交通大学生物医学工程学院、MED-X研究院、生命质量与机械工程研究所、国家模具CAD工程研究中心和医学院附属第九人民医院的骨科、口腔科和康复科等临床与实验室基地，共同组建形成了一个优势互补、资源共享的数字医学产学研一体化共建平台。

        工程研究中心以技术开发与技术创新为宗旨，充分发挥科研成果与临床及产业应用之间的桥梁作用，通过建立起的三大数字医学技术研发和服务平台，已形成了支撑数字化临床应用相关的共性和个性技术，具有自主知识产权的部分成果已实现技术转让和临床应用，成为相关企业数字医学创新的重要技术支撑，推动和促进了我国高端医疗器械产品与设备的自主创新能力。

        工程研究中心大力开展与国内外一流研究机构的科研合作，包括加拿大多伦多大学康复研究院、加拿大蒙特利尔大学骨与关节研究中心、日本千叶大学医学工程研究中心、美国韦恩州立大学医学院、澳大利亚西澳大学医学院、荷兰莱顿大学医学中心、英国利兹大学等，并先后获得国家科技部和上海市政府有关国际合作项目的科研基金资助。自2007年以来，工程研究中心已连续成功举办了七届国际骨科前沿技术与临床转化学术会议，积极推动我国转化医学的研究，促进数字医学科研成果快速转化成临床应用。